怀化国家高新技术产业开发区于2003年7月14日开园，前身为湖南怀化工业园区。2006年4月，经国家发改委审定、省人民政府批复为省级工业园区。2016年7月14日，经省人民政府批复，设立怀化高新技术产业开发区。2018年2月28日，经国务院批复，设立怀化国家高新技术产业开发区。
建园以来，园区逐步形成了以生物产业为主导，食品产业、新材料新能源、电子信息产业为支柱的产业发展方向，先后荣获“全国农产品加工创业基地”、“全国农产品加工业示范基地”、“湖南十大最具投资价值产业园区”等荣誉称号。